Το 1849 η οικογένεια επέστρεψε στην Σύρο, όπου ο Εμμανουήλ εγγράφηκε και φοίτησε στο ελληνοαμερικανικό λύκειο του Χ. Ευαγγελίδη. Τότε ξεκίνησε και η ενασχόλησή του με τη συγγραφή – ενώ την ίδια εποχή γνωρίστηκε με τον μετέπειτα λόγιο, ποιητή και πεζογράφο Δημήτριο Βικέλα, με τον οποίο ως μαθητές εξέδωσαν το χειρόγραφο περιοδικό Μέλισσα.
Το 1855 ξεκινά σπουδές Φιλολογίας και Φιλοσοφίας στο Βερολίνο, τις οποίες όμως διέκοψε μετά από 2 χρόνια. Ασχολήθηκε με το εμπόριο και ταξίδεψε στην ηπειρωτική Ευρώπη, τις παραδουνάβιες περιοχές και την Αίγυπτο. Διέμεινε στη Ρουμανία με την οικογένειά του έως το 1862, χωρίς να πάψει όμως να επισκέπτεται την Αθήνα τακτικά. Το 1860 δημοσιεύει το Οδοιπορικό του Σατωβριάνδου (Chateaubriand Itineraire) ενώ δυο χρόνια αργότερα μετακομίζει πλέον στην Αθήνα και αφοσιώνεται στη συγγραφή.
Το 1866 εξέδωσε την «Πάπισσα Ιωάννα», ένα μυθιστόρημα με ιστορική βάση, που όμως περισσότερο μοιάζει με μια ιστορική μελέτη. Ο Ροΐδης άκουσε την ιστορία της Πάππισας Ιωάννας όταν ήταν ακόμα παιδί στη Γένοβα και εντυπωσιάστηκε βαθιά. Η Πάπισσα Ιωάννα εκτυλίσσεται τον 9ο αιώνα μ.Χ. και είναι η ιστορία μιας νεαρής κοπέλας, κόρης ιεραποστόλου, η οποία, όταν έμεινε ορφανή, μεταμφιέστηκε σε άντρα, μπήκε σε μοναστήρι. Εκεί γνωρίζει και έναν επισκέπτη μοναχό, τον οποίο ακολουθεί και ζει μαζί του για 7 χρόνια στο ίδιο κελί, ως μοναχός και η ίδια, σε ένα μοναστήρι Βενεδικτίνων. Όταν οι εραστές έφυγαν από το μοναστήρι, ταξίδεψαν σε αρκετές χώρες, ώσπου, στην Αθήνα, η Ιωάννα εγκατέλειψε τον εραστή της και μπήκε σε ένα πλοίο με προορισμό τη Ρώμη.
Εκεί κατάφερε να αναρριχηθεί μέχρι την κορυφή της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας και τον Παπικό θρόνο. Η ερωτική σχέση όμως την οποία σύναψε με τον θαλαμηπόλο της. Φλώρο, είχε σαν αποτέλεσμα την εγκυμοσύνη της. Έτσι, κατά τη διάρκεια μιας μεγάλης λιτανείας το έκπληκτο πλήθος βλέπει τον σεβαστό Πάπα Ιωάννη τον Η΄, να γεννά «άωρον και ημιθανές βρέφος» και να πεθαίνει υπό την οργή «του μαινόμενου όχλου, λακτοπατούντος, καταπτύοντος και ζητούντος να ρίψη εις τον Τίβεριν Πάπισσαν και παπίδιον».
Το έργο εμφανώς στηλιτεύει τα αρνητικά της Καθολικής Εκκλησίας, αλλά είναι φανερό ότι η κριτική και η απόρριψη απευθύνονται κυρίως στην Ορθόδοξη, κάτι που προκάλεσε την έντονη αντίδραση των κληρικών. Στις επιθέσεις εναντίον του Ροΐδη πρωτοστάτησε αρχικά ο κληρικός Μακάριος ο Καρυστίας, με άρθρα στον Τύπο, και αργότερα ενεπλάκη και η Ιερά Σύνοδος που με εγκύκλιό της αναθεμάτισε τον συγγραφέα και έργο ως «κακόηθες και βλάσφημον», ζητώντας την παρέμβαση του κράτους για την απαγόρευση κυκλοφορίας του βιβλίου, κάτι που τελικά δεν έγινε.
Η Πάπισσα Ιωάννα, ωστόσο, αναγνωρίστηκε ως ένα από τα πιο πρωτοποριακά μυθιστορήματα της ελληνικής πεζογραφίας του 19ου αι. όχι μόνο χάρη στο επιμελημένο ύφος αλλά και εξαιτίας της αντιρομαντικής διάθεσης που θεωρήθηκε πρόδρομος της στροφής προς τον ρεαλισμό που πραγματοποιήθηκε στην ελληνική πεζογραφία μετά την εμφάνιση της γενιάς του 1880.
Στον αφορισμό του έργου ο συγγραφέας απάντησε αρχικά χιουμοριστικά («ο κύριος εισαγγελεύς ουδ' απάντησιν έδωκεν, και οι δικασταί απεκρίθησαν γελώντες οτι αφού το βιβλίον είναι αφορισμένον, δεν δύνανται να το αναγνώσουσιν δια να το δικάσωσιν...»), με τις υποτιθέμενες «Επιστολές ενός Αγρινιώτου» με την υπογραφή Διονύσιος Σουρλής (στην εφημερίδα Αυγή, Μάιος 1866) και έπειτα με σοβαρό -αλλά και πιο δηκτικό τόνο-με το «Ολίγαι λέξες εις απάντησιν της αφοριστικής εγκυκλίου της Συνόδου».
Στα επόμενα χρόνια δημοσιεύει πολιτικά και φιλολογικά κείμενα, συνεργάζεται με τις γαλλόφωνες εφημερίδες «La Grece» και «Independance Hellenique», και το 1870 γίνεται διευθυντής της «Grece». Το 1873, στην κρίση των «Λαυρεωτικών», χάνει σχεδόν όλη του την περιουσία, αφού είχε επενδύσει σε μετοχές της Εταιρίας Λαυρίου και της Πιστωτικής, και πλέον ζει, με δυσκολίες, από την πένα του.
Το 1875-1877 εκδίδει με τον Θέμο Άννινο το εβδομαδιαίο περιοδικό, χιουμοριστικό στην αρχή, σατιρικό κατόπιν, «Ασμοδαίος», μέσα από το οποίο σχολιάζει την δημόσια και πολιτική ζωή της Ελλάδας. Καυτηρίαζε τη κομματική συναλλαγή της εποχής του, υποστηρίζοντας όμως τη πολιτική του Χαρίλαου Τρικούπη. Με αφορμή ένα κριτικό του κείμενο με τίτλο «Περί Συγχρόνου Ελληνικής Ποιήσεως», το 1877, ξεκινά η διαμάχη του με τον πολιτικό και λογοτέχνη Άγγελο Βλάχο σχετικά με την ποιητική δημιουργία υπό την επίδραση του κοινωνικού και πνευματικού περιβάλλοντος.
Το 1878 διορίστηκε έφορος στην Εθνική Βιβλιοθήκη, στην οποία εργαζόταν κατά την διάρκεια των κυβερνήσεων Τρικούπη, ενώ απολυόταν από τις κυβερνήσεις Δηλιγιάννη. Παράλληλα, εμφανιζόταν ως υπέρμαχος της δημοτικής με μια σειρά από γλωσσικές μελέτες αν και ο ίδιος έγραφε τα κείμενά του στην καθαρεύουσα. Το πρόβλημα της «διγλωσσίας» το θεωρούσε εθνική συμφορά και επέρριπτε στους λογίους την ευθύνη για αυτό. Τη δημοτική γλώσσα τη θεωρούσε ισάξια της καθαρεύουσας σε πλούτο, ακρίβεια και σαφήνεια και πρότεινε για τη λογοτεχνική γλώσσα την σταδιακή απλοποίηση της καθαρεύουσας και τον εμπλουτισμό της δημοτικής ώστε τελικά να «συναντηθούν» σε μια γλώσσα.
Το 1885 είχε ένα σοβαρό ατύχημα όταν τον χτύπησε μια άμαξα, με αποτέλεσμα να σπάσει το σαγόνι του και να μην μπορεί να μιλήσει για μήνες, ενώ το 1890 έχασε την ακοή του οριστικά – αντιμετώπιζε πρόβλημα βαρηκοΐας από τα νιάτα του. Πέθανε στην Αθήνα, από καρδιακή προσβολή, στις 7 Ιανουαρίου 1904.http://tvxs.gr
